TY - JOUR AU - Hausser, J. AU - Zavolan, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identification and consequences of miRNA-target interactions—beyond repression of gene expression JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3765 DO - 10.1038/nrg3765 ID - Hausser2014 ER - TY - JOUR AU - Pasquinelli, A. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - MicroRNAs and their targets: recognition, regulation and an emerging reciprocal relationship JO - Nat Rev Genet VL - 13 ID - Pasquinelli2012 ER - TY - JOUR AU - Bartel, D. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - MicroRNAs: target recognition and regulatory functions JO - Cell VL - 136 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.01.002 DO - 10.1016/j.cell.2009.01.002 ID - Bartel2009 ER - TY - JOUR AU - Elkayam, E. AU - Kuhn, C. D. AU - Tocilj, A. AU - Haase, A. D. AU - Greene, E. M. AU - Hannon, G. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The structure of human argonaute-2 in complex with miR-20a JO - Cell VL - 150 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.05.017 DO - 10.1016/j.cell.2012.05.017 ID - Elkayam2012 ER - TY - JOUR AU - Schirle, N. T. AU - Sheu-Gruttadauria, J. AU - MacRae, I. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Structural basis for microRNA targeting JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1258040 DO - 10.1126/science.1258040 ID - Schirle2014 ER - TY - JOUR AU - Schirle, N. T. AU - MacRae, I. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The crystal structure of human Argonaute2 JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1221551 DO - 10.1126/science.1221551 ID - Schirle2012 ER - TY - JOUR AU - Agarwal, V. AU - Bell, G. W. AU - Nam, J. W. AU - Bartel, D. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs JO - eLife VL - 4 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.05005 DO - 10.7554/eLife.05005 ID - Agarwal2015 ER - TY - JOUR AU - Zisoulis, D. G. AU - Kai, Z. S. AU - Chang, R. K. AU - Pasquinelli, A. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Autoregulation of microRNA biogenesis by let-7 and Argonaute JO - Nature VL - 1 ID - Zisoulis2012 ER - TY - JOUR AU - Memczak, S. AU - Jens, M. AU - Elefsinioti, A. AU - Torti, F. AU - Krueger, J. AU - Rybak, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency JO - Nature VL - 495 UR - https://doi.org/10.1038/nature11928 DO - 10.1038/nature11928 ID - Memczak2013 ER - TY - JOUR AU - Hansen, T. B. AU - Jensen, T. I. AU - Clausen, B. H. AU - Bramsen, J. B. AU - Finsen, B. AU - Damgaard, C. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges JO - Nature VL - 495 UR - https://doi.org/10.1038/nature11993 DO - 10.1038/nature11993 ID - Hansen2013 ER - TY - JOUR AU - Lewis, B. P. AU - Shih, I. AU - Jones-Rhoades, M. W. AU - Bartel, D. P. AU - Burge, C. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prediction of mammalian microRNA targets JO - Cell VL - 115 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)01018-3 DO - 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 ID - Lewis2003 ER - TY - JOUR AU - Lewis, B. P. AU - Burge, C. B. AU - Bartel, D. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets JO - Cell VL - 120 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.12.035 DO - 10.1016/j.cell.2004.12.035 ID - Lewis2005 ER - TY - JOUR AU - Min, H. AU - Yoon, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Got target? Computational methods for microRNA target prediction and their extension JO - Exp Mol Med VL - 42 UR - https://doi.org/10.3858/emm.2010.42.4.032 DO - 10.3858/emm.2010.42.4.032 ID - Min2010 ER - TY - JOUR AU - Khorshid, M. AU - Hausser, J. AU - Zavolan, M. AU - Nimwegen, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - A biophysical miRNA-mRNA interaction model infers canonical and noncanonical targets JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2341 DO - 10.1038/nmeth.2341 ID - Khorshid2013 ER - TY - JOUR AU - Miska, E. A. AU - Alvarez-Saavedra, E. AU - Abbott, A. L. AU - Lau, N. C. AU - Hellman, A. B. AU - McGonagle, S. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Most Caenorhabditis elegans microRNAs are individually not essential for development or viability JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030215 DO - 10.1371/journal.pgen.0030215 ID - Miska2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. W. AU - Song, S. AU - Weng, R. AU - Verma, P. AU - Kugler, J. M. AU - Buescher, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Systematic study of drosophila microRNA functions using a collection of targeted knockout mutations JO - Dev Cell VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2014.11.029 DO - 10.1016/j.devcel.2014.11.029 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Baek, D. AU - Villén, J. AU - Shin, C. AU - Camargo, F. D. AU - Gygi, S. P. AU - Bartel, D. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The impact of microRNAs on protein output JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07242 DO - 10.1038/nature07242 ID - Baek2008 ER - TY - JOUR AU - Vinther, J. AU - Hedegaard, M. M. AU - Gardner, P. P. AU - Andersen, J. S. AU - Arctander, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of miRNA targets with stable isotope labeling by amino acids in cell culture JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl590 DO - 10.1093/nar/gkl590 ID - Vinther2006 ER - TY - JOUR AU - Selbach, M. AU - Schwanhäusser, B. AU - Thierfelder, N. AU - Fang, Z. AU - Khanin, R. AU - Rajewsky, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07228 DO - 10.1038/nature07228 ID - Selbach2008 ER - TY - JOUR AU - Bazzini, A. A. AU - Lee, M. T. AU - Giraldez, A. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ribosome profiling shows that miR-430 reduces translation before causing mRNA decay in zebrafish JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1215704 DO - 10.1126/science.1215704 ID - Bazzini2012 ER - TY - JOUR AU - Guo, H. AU - Ingolia, N. T. AU - Weissman, J. S. AU - Barte, D. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09267 DO - 10.1038/nature09267 ID - Guo2010 ER - TY - JOUR AU - Hafner, M. AU - Landthaler, M. AU - Burger, L. AU - Khorshid, M. AU - Hausser, J. AU - Berninger, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP JO - Cell VL - 141 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.03.009 DO - 10.1016/j.cell.2010.03.009 ID - Hafner2010 ER - TY - JOUR AU - Zisoulis, D. G. AU - Lovci, M. T. AU - Wilbert, M. L. AU - Hutt, K. R. AU - Liang, T. Y. AU - Pasquinelli, A. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comprehensive discovery of endogenous Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans JO - Nat Struct Mol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1745 DO - 10.1038/nsmb.1745 ID - Zisoulis2010 ER - TY - JOUR AU - Chi, S. W. AU - Zang, J. B. AU - Mele, A. AU - Darnell, R. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Argonaute HITS-CLIP decodes microRNA-mRNA interaction maps JO - Nature VL - 460 ID - Chi2009 ER - TY - JOUR AU - Bosson, A. D. AU - Zamudio, J. R. AU - Sharp, P. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Endogenous miRNA and target concentrations determine susceptibility to potential ceRNA competition JO - Mol Cell VL - 56 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.09.018 DO - 10.1016/j.molcel.2014.09.018 ID - Bosson2014 ER - TY - JOUR AU - Kudla, G. AU - Granneman, S. AU - Hahn, D. AU - Beggs, J. D. AU - Tollervey, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cross-linking, ligation, and sequencing of hybrids reveals RNA-RNA interactions in yeast JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1017386108 DO - 10.1073/pnas.1017386108 ID - Kudla2011 ER - TY - JOUR AU - Helwak, A. AU - Kudla, G. AU - Dudnakova, T. AU - Tollervey, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mapping the human miRNA interactome by CLASH reveals frequent noncanonical binding JO - Cell VL - 153 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.03.043 DO - 10.1016/j.cell.2013.03.043 ID - Helwak2013 ER - TY - JOUR AU - Grosswendt, S. AU - Filipchyk, A. AU - Manzano, M. AU - Klironomos, F. AU - Schilling, M. AU - Herzog, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Unambiguous identification of miRNA: target site interactions by different types of ligation reactions JO - Mol Cell VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.03.049 DO - 10.1016/j.molcel.2014.03.049 ID - Grosswendt2014 ER - TY - JOUR AU - Travis, A. J. AU - Moody, J. AU - Helwak, A. AU - Tollervey, D. AU - Kudla, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Hyb: a bioinformatics pipeline for the analysis of CLASH (crosslinking, ligation and sequencing of hybrids) data JO - Methods VL - 65 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2013.10.015 DO - 10.1016/j.ymeth.2013.10.015 ID - Travis2014 ER - TY - JOUR AU - Fang, Z. AU - Rajewsky, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - The impact of miRNA target sites in coding sequences and in 3′UTRs JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0018067 DO - 10.1371/journal.pone.0018067 ID - Fang2011 ER - TY - JOUR AU - Hausser, J. AU - Syed, A. P. AU - Bilen, B. AU - Zavolan, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Analysis of CDS-located miRNA target sites suggests that they can effectively inhibit translation JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.139758.112 DO - 10.1101/gr.139758.112 ID - Hausser2013 ER - TY - JOUR AU - Moore, M. J. AU - Scheel, T. K. AU - Luna, J. M. AU - Park, C. Y. AU - Fak, J. J. AU - Nishiuchi, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - miRNA-target chimeras reveal miRNA 3′-end pairing as a major determinant of Argonaute target specificity JO - Nat Commun. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms9864 DO - 10.1038/ncomms9864 ID - Moore2015 ER -