Model | Trait | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CCFAT | CEMD | PEMD | IMF | SF5 | PWT | YCFW | YFD | |
Bayesian | ||||||||
 BayesR (top) | 0.094 | 0.065 | 0.129 | 0.163 | 0.105 | 0.112 | 0.219 | 0.611 |
 BayesR (50k) | 0.196 | 0.155 | 0.228 | 0.376 | 0.189 | 0.219 | 0.393 | 0.547 |
 BayesR (50k + top) | 0.201 | 0.160 | 0.242 | 0.378 | 0.189 | 0.224 | 0.400 | 0.634 |
 BayesRC (50k + top) | 0.190 | 0.159 | 0.230 | 0.359 | 0.161 | 0.217 | 0.384 | 0.672 |
 BayesR (HD) | 0.224 | 0.185 | 0.274 | 0.409 | 0.222 | 0.242 | 0.433 | 0.596 |
GBLUP | ||||||||
 GBLUP (top) | 0.102 | 0.070 | 0.134 | 0.166 | 0.108 | 0.116 | 0.234 | 0.619 |
 GBLUP (50k) | 0.200 | 0.150 | 0.229 | 0.380 | 0.189 | 0.216 | 0.399 | 0.569 |
 GBLUP (50k + top [1GRM]) | 0.217 | 0.158 | 0.250 | 0.400 | 0.203 | 0.232 | 0.409 | 0.679 |
 GBLUP (50k + top [2GRMs])a | 0.191 (0.116 + 0.075) | 0.152 (0.111 + 0.041) | 0.226 (0.128 + 0.098) | 0.356 (0.252 + 0.105) | 0.142 (0.046 + 0.096) | 0.212 (0.152 + 0.060) | 0.388 (0.271 + 0.117) | 0.681 (0.154 + 0.527) |
 GBLUP (HD) | 0.232 | 0.182 | 0.275 | 0.423 | 0.233 | 0.250 | 0.439 | 0.620 |
 GBLUP (WGS) | 0.231 | 0.191 | 0.285 | 0.439 | 0.240 | 0.254 | 0.453 | 0.643 |