Sub-set | Number of SNPs | GBLUP | BayesB | BayesC | BayesR | BayesS | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
\({h}^{2}\) | se | \({h}^{2}\) | se | \({h}^{2}\) | se | \({h}^{2}\) | se | \({h}^{2}\) | se | ||
LD0.1 | 589 | 0.09 | 0.02 | 0.06 | 0.01 | 0.09 | 0.02 | 0.10 | 0.02 | 0.10 | 0.02 |
LD0.2 | 1544 | 0.16 | 0.03 | 0.17 | 0.02 | 0.18 | 0.02 | 0.17 | 0.02 | 0.18 | 0.02 |
LD0.3 | 3384 | 0.16 | 0.03 | 0.17 | 0.02 | 0.18 | 0.02 | 0.17 | 0.02 | 0.19 | 0.02 |
LD0.4 | 6229 | 0.19 | 0.03 | 0.22 | 0.02 | 0.21 | 0.03 | 0.20 | 0.03 | 0.23 | 0.02 |
LD0.5 | 10,004 | 0.19 | 0.03 | 0.22 | 0.03 | 0.21 | 0.03 | 0.19 | 0.03 | 0.23 | 0.02 |
LD0.6 | 14,563 | 0.19 | 0.03 | 0.22 | 0.03 | 0.21 | 0.03 | 0.19 | 0.03 | 0.23 | 0.03 |
LD0.7 | 19,873 | 0.19 | 0.03 | 0.25 | 0.03 | 0.23 | 0.03 | 0.19 | 0.03 | 0.23 | 0.03 |
LD0.8 | 25,693 | 0.18 | 0.03 | 0.24 | 0.03 | 0.25 | 0.02 | 0.19 | 0.03 | 0.23 | 0.03 |
LD0.9 | 32,077 | 0.17 | 0.03 | 0.23 | 0.03 | 0.26 | 0.03 | 0.17 | 0.02 | 0.23 | 0.03 |
Only LG | 48,871 | 0.15 | 0.03 | 0.26 | 0.03 | 0.27 | 0.03 | 0.15 | 0.02 | 0.26 | 0.02 |
All SNPs | 50,690 | 0.15 | 0.03 | 0.26 | 0.03 | 0.25 | 0.05 | 0.26 | 0.05 | 0.24 | 0.04 |