On the origin and diversification of Podolian cattle breeds: testing scenarios of European colonization using genome-wide SNP data

Senczuk, Gabriele; Mastrangelo, Salvatore; Ajmone-Marsan, Paolo; Becskei, Zsolt; Colangelo, Paolo; Colli, Licia; Ferretti, Luca; Karsli, Taki; Lancioni, Hovirag; Lasagna, Emiliano; Marletta, Donata; Persichilli, Christian; Portolano, Baldassare; Sarti, Francesca M.; Ciani, Elena; Pilla, Fabio

doi:10.1186/s12711-021-00639-w

Genetics Selection Evolution

Table 1 Genetic diversity indices for the analyzed cattle breeds

From: On the origin and diversification of Podolian cattle breeds: testing scenarios of European colonization using genome-wide SNP data

	Breed name	Code	N	Ho ± SD	He ± SD	MAF ± SD	Ne
1	Hariana	HAR	10	0.145 ± 0.217	0.138 ± 0.186	0.102 ± 0.151	21
2	Gabrali	GBI	10	0.216 ± 0.207	0.207 ± 0.179	0.147 ± 0.149	48
3	Gir	GIR	20	0.183 ± 0.190	0.184 ± 0.182	0.132 ± 0.149	90
4	Sahiwal	SAHW	17	0.186 ± 0.197	0.183 ± 0.183	0.131 ± 0.150	68
5	Lohani	LOH	10	0.190 ± 0.200	0.187 ± 0.181	0.133 ± 0.148	52
6	Ongole Grade	ONG	20	0.243 ± 0.190	0.237 ± 0.168	0.166 ± 0.143	52
7	Kuri	KUR	20	0.292 ± 0.197	0.286 ± 0.178	0.214 ± 0.159	105
8	N'Dama	NDAM	51	0.274 ± 0.188	0.275 ± 0.181	0.205 ± 0.160	181
9	Baoule	BAO	20	0.267 ± 0.211	0.254 ± 0.189	0.190 ± 0.163	90
10	Somba	SOM	20	0.262 ± 0.194	0.269 ± 0.185	0.201 ± 0.161	105
11	Lagune	LAG	20	0.229 ± 0.213	0.224 ± 0.197	0.168 ± 0.166	83
12	Oulmès Zaer	OUL	19	0.335 ± 0.191	0.318 ± 0.163	0.240 ± 0.152	55
13	Guelmoise	GUE	24	0.324 ± 0.166	0.338 ± 0.148	0.256 ± 0.145	138
14	Turkish Grey	TUG	24	0.348 ± 0.164	0.348 ± 0.142	0.263 ± 0.142	117
15	Katerini	KAT	19	0.319 ± 0.157	0.352 ± 0.143	0.263 ± 0.146	82
16	Bulgarian Grey	BLG	20	0.327 ± 0.203	0.301 ± 0.172	0.226 ± 0.156	44
17	Romanian Grey	ROG	4	0.351 ± 0.299	0.261 ± 0.192	0.198 ± 0.168	15
18	Serbian Podolsko	PDS	24	0.294 ± 0.213	0.274 ± 0.188	0.204 ± 0.164	33
19	Croatian Podolian	CRP	24	0.331 ± 0.193	0.312 ± 0.167	0.235 ± 0.154	48
20	Hungarian Grey	HUG	24	0.338 ± 0.181	0.329 ± 0.159	0.249 ± 0.150	77
21	Ukrainian Grey	UKG	48	0.346 ± 0.168	0.335 ± 0.154	0.193 ± 0.168	75
22	Boskarin	BOS	30	0.351 ± 0.162	0.347 ± 0.144	0.263 ± 0.143	108
23	Cinisara	CIN	30	0.349 ± 0.155	0.354 ± 0.140	0.270 ± 0.141	133
24	Modicana	MOD	30	0.338 ± 0.171	0.334 ± 0.154	0.253 ± 0.147	106
25	Podolica Italiana	POD	24	0.351 ± 0.157	0.356 ± 0.138	0.272 ± 0.140	122
26	Maremmana	MRM	25	0.338 ± 0.192	0.319 ± 0.165	0.242 ± 0.153	59
27	Marchigiana	MRC	22	0.347 ± 0.172	0.341 ± 0.149	0.258 ± 0.145	96
28	Chianina	CHN	23	0.334 ± 0.176	0.330 ± 0.155	0.249 ± 0.148	88
29	Calvana	CAL	24	0.314 ± 0.196	0.301 ± 0.173	0.226 ± 0.156	56
30	Romagnola	RMG	21	0.333 ± 0.181	0.324 ± 0.159	0.244 ± 0.149	72
31	Modenese	MDN	24	0.348 ± 0.172	0.340 ± 0.151	0.258 ± 0.146	76
32	Piedmontese	PMT	21	0.367 ± 0.166	0.356 ± 0.138	0.271 ± 0.140	112
33	Tyrolean Grey	TYR	24	0.350 ± 0.175	0.338 ± 0.152	0.256 ± 0.147	84
34	Gascon	GAS	20	0.346 ± 0.176	0.339 ± 0.152	0.258 ± 0.146	96
35	Angus	AN	20	0.338 ± 0.180	0.332 ± 0.158	0.252 ± 0.149	81
36	Holstein	HO	20	0.353 ± 0.174	0.347 ± 0.149	0.264 ± 0.145	71

Number of individuals per breed (N), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity, average minor allele frequency (MAF), effective population size (Ne) and standard deviation (SD)

Back to article page

ISSN: 1297-9686

Contact us

Submission enquiries: helene.hayes@inrae.fr
General enquiries: info@biomedcentral.com