Skip to main content

Table 1 Distribution of InDels and annotation of SNPs identified from sequences aligned to the ARS1 reference genome and using the GCF_001704415.1_ARS1_genomic.gff annotation file

From: VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

CHI

InDel number

SNP number

Number of effects

Downstream

Exon

Intergenic

Intron

Splice acceptor

Splice donor

Splice region

Transcript

Upstream

UTR 3ʹ

UTR 5ʹ

Missense

Nonsense

Silent

1

  818,757

 4,445,377

 12,032,012

 458,743

 66648

 2,869,811

4,038,272

 79

 90

 4866

 4,076,351

 453,685

 51524

 11943

 21817

 172

 34232

2

 681,619

 3,704,710

 11,025,471

 500,555

 86105

 2,218,485

 3,767,113

 74

 80

 7110

 3,886,499

 493,018

 53529

 12903

 27607

 155

 47266

3

 582,990

 3,219,852

 9,723,073

 683,259

 99623

 1,904,576

 3,067,833

 97

 147

 7253

 3,210,217

 676,123

 57845

 16100

 34728

 321

 49798

4

 612,055

 3,356,824

 10,217,296

 402,190

 63972

 1,869,682

 3,685,704

 72

 113

 4137

 3,747,652

 394,011

 40808

8955

 21883

 229

 32329

5

 589,455

 3,254,170

 10,416,604

 608,369

 90816

 1,884,801

 3,521,587

 87

 117

 6961

3,628,991

 604,367

 56456

 14052

 28723

 298

 47717

6

 628,940

 3,423,894

 9,712,976

 356,081

 49936

 2,216,046

3,311,482

 49

 89

 3940

 3,376,966

 352,520

 36787

 9080

 16818

 109

 24491

7

 534,662

 2,892,084

 9,828,378

 636,813

 159888

 1,819,601

 3,156,821

 133

 111

 10127

 3,347,312

 631,783

 51708

 14081

 63405

 447

 83894

8

 558,356

 3,063,425

 9, 133,856

 382,194

 59762

 1,965,117

 3,107,183

 63

 69

 4452

 3,189,032

 374,406

 42124

 9454

 20793

 209

 30688

9

 461,502

 2,494,211

 7,674,249

 270,908

 48106

 1,572,204

2,714,425

 138

 46

 3556

 2,769,209

 265,609

 24246

 5802

15956

 125

 23479

10

 493,652

2,698,185

 9,192,746

 476,511

 71317

 1,511,953

3,242,782

52

 96

 5079

 3,352,743

 472,321

 47467

 12425

 24247

 221

 37332

11

 515,256

 2,831,023

 9,890,955

 553,577

 92208

 1,724,793

3,395,147

 92

 136

 7371

 3,508,281

 543,462

 52415

 13473

 27137

 241

 51761

12

 491,274

 2,667,175

 5,825,552

 193,632

 34358

 1,765,985

 1,782,658

 33

 48

 2654

 1,831,608

 190,567

 19095

 4914

 12736

 158

  17266

13

 389,692

 2,171,122

 7,859,635

 394,282

 60365

 1,203,702

 2,832,529

 77

 91

 4557

 2,919,170

 390,791

 43851

 10220

 19308

 201

 32517

14

 486,379

 2,667,881

 7,004,865

 265,510

 38581

 1,771,173

2,298,648

 41

 52

 3041

 2,326,532

 265,584

 27828

 7875

 11194

 96

 19368

15

 419,873

 2,348,100

 6,935,036

 479,502

 71589

 1,493,439

2,136,669

 53

 84

 4060

 2,229,600

 472,382

 38348

 9310

 25431

347

 33595

16

 394,016

 2,171,945

 6,453,431

 342,598

 55559

 1,256,466

 2,169,250

 56

 60

 4402

 2,234,817

 339,736

 40836

 9651

 18793

 155

 29062

17

 365,130

 1,965,116

 5,032,075

 269,775

 45016

 1,219,875

 1,562,271

 38

 91

 3551

 1,631,168

 265,631

 26028

 8631

 13371

 108

 24014

18

 328,462

 1,847,282

 5,375,176

 640,087

 97496

 1,052,854

 1,380,659

 112

 152

 6698

 1,501,048

 636,762

 40352

 18956

 35046

 523

 45254

19

 303,457

 1,657,902

 6,819,329

 622,933

 100340

 808,006

 2,215,917

 76

 65

 7868

 2,374,994

 615,022

 58429

 15679

 33492

 286

 57841

20

 375,188

 2,088,922

 4,276,376

 152,982

 22276

 1,434,583

 1,232,290

 25

 25

 1684

 1,260,516

 152,063

 16729

 3203

 7060

 39

 11033

21

 346,701

 1,955,870

 5,590,244

 336,130

 53444

 1,238,872

 1,791,260

 100

 118

 3630

 1,805,530

 327,239

 26317

 7604

 16845

 199

 24557

22

 291,852

 1,579,747

 7,603,338

 316,589

 53838

 756,258

 3,024,571

 51

 52

 4586

 3,093,398

 309,797

 34524

 9674

 15493

 103

29721

23

261,537

 1,461,938

 5,452,237

 421,685

 68240

 852,094

 1,785,250

 47

 91

 4651

 1,878,809

 402,412

 28019

 10939

 24936

 313

 34341

24

 321,051

 1,769,342

 5,080,572

 172,939

 27021

 1,192,978

 1,727,081

 12

 27

 2061

 1,766,194

 166,665

 21637

 3957

 8023

62

 14178

25

 205,425

1,182,353

 4,215,848

 386,841

 64350

 533,065

1,350,422

 47

 88

 4715

 1,456,023

 375,692

 33162

 11443

 19585

 144

32896

26

 262,405

1,481,440

 5,195,116

 225,962

 34955

 839,548

1,896,442

 41

 74

 2605

 1,943,238

 222,634

 23591

 6026

 11600

 139

 16083

27

 232,467

 1,278,104

 3,190,769

 130,257

 20512

 844,522

 1,003,995

 32

 31

 1512

 1,037,321

 132,486

 15547

 4554

 6764

 43

 10924

28

 228,740

 1,306,693

 5,179,451

 191,839

 29690

 693,876

2,002,455

 47

 27

 2308

 2,040,071

 191,412

 22278

 5448

 9736

 66

 14952

29

 257,510

 1,508,568

 6,275,068

 344,027

 54609

 844,994

 2,303,306

 65

 78

 3832

 2,360,477

 333,712

22868

 7100

 17940

 133

 28259

MT others

 1,169,447

 5,781,172

 9,317,433

 534,885

 76267

 4,875,855

 1,611,366

 133

 149

 4586

 1,648,637

 520,101

 33765

 11689

22371

 370

 31779

Total

13,607,850

74,274,427

221,529,167

11,751,655

1,896,887

46,235,214

73,115,388

2022

2497

137,853

75,432,404

11,571,993

1,088,113

295,141

632,838

6012

970,627

  1. Number of InDels and SNPs identified per chromosome (CHI) and annotation information for SNPs identified