Skip to main content

Table 1 Distribution of InDels and annotation of SNPs identified from sequences aligned to the ARS1 reference genome and using the GCF_001704415.1_ARS1_genomic.gff annotation file

From: VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

CHI InDel number SNP number Number of effects Downstream Exon Intergenic Intron Splice acceptor Splice donor Splice region Transcript Upstream UTR 3ʹ UTR 5ʹ Missense Nonsense Silent
1   818,757  4,445,377  12,032,012  458,743  66648  2,869,811 4,038,272  79  90  4866  4,076,351  453,685  51524  11943  21817  172  34232
2  681,619  3,704,710  11,025,471  500,555  86105  2,218,485  3,767,113  74  80  7110  3,886,499  493,018  53529  12903  27607  155  47266
3  582,990  3,219,852  9,723,073  683,259  99623  1,904,576  3,067,833  97  147  7253  3,210,217  676,123  57845  16100  34728  321  49798
4  612,055  3,356,824  10,217,296  402,190  63972  1,869,682  3,685,704  72  113  4137  3,747,652  394,011  40808 8955  21883  229  32329
5  589,455  3,254,170  10,416,604  608,369  90816  1,884,801  3,521,587  87  117  6961 3,628,991  604,367  56456  14052  28723  298  47717
6  628,940  3,423,894  9,712,976  356,081  49936  2,216,046 3,311,482  49  89  3940  3,376,966  352,520  36787  9080  16818  109  24491
7  534,662  2,892,084  9,828,378  636,813  159888  1,819,601  3,156,821  133  111  10127  3,347,312  631,783  51708  14081  63405  447  83894
8  558,356  3,063,425  9, 133,856  382,194  59762  1,965,117  3,107,183  63  69  4452  3,189,032  374,406  42124  9454  20793  209  30688
9  461,502  2,494,211  7,674,249  270,908  48106  1,572,204 2,714,425  138  46  3556  2,769,209  265,609  24246  5802 15956  125  23479
10  493,652 2,698,185  9,192,746  476,511  71317  1,511,953 3,242,782 52  96  5079  3,352,743  472,321  47467  12425  24247  221  37332
11  515,256  2,831,023  9,890,955  553,577  92208  1,724,793 3,395,147  92  136  7371  3,508,281  543,462  52415  13473  27137  241  51761
12  491,274  2,667,175  5,825,552  193,632  34358  1,765,985  1,782,658  33  48  2654  1,831,608  190,567  19095  4914  12736  158   17266
13  389,692  2,171,122  7,859,635  394,282  60365  1,203,702  2,832,529  77  91  4557  2,919,170  390,791  43851  10220  19308  201  32517
14  486,379  2,667,881  7,004,865  265,510  38581  1,771,173 2,298,648  41  52  3041  2,326,532  265,584  27828  7875  11194  96  19368
15  419,873  2,348,100  6,935,036  479,502  71589  1,493,439 2,136,669  53  84  4060  2,229,600  472,382  38348  9310  25431 347  33595
16  394,016  2,171,945  6,453,431  342,598  55559  1,256,466  2,169,250  56  60  4402  2,234,817  339,736  40836  9651  18793  155  29062
17  365,130  1,965,116  5,032,075  269,775  45016  1,219,875  1,562,271  38  91  3551  1,631,168  265,631  26028  8631  13371  108  24014
18  328,462  1,847,282  5,375,176  640,087  97496  1,052,854  1,380,659  112  152  6698  1,501,048  636,762  40352  18956  35046  523  45254
19  303,457  1,657,902  6,819,329  622,933  100340  808,006  2,215,917  76  65  7868  2,374,994  615,022  58429  15679  33492  286  57841
20  375,188  2,088,922  4,276,376  152,982  22276  1,434,583  1,232,290  25  25  1684  1,260,516  152,063  16729  3203  7060  39  11033
21  346,701  1,955,870  5,590,244  336,130  53444  1,238,872  1,791,260  100  118  3630  1,805,530  327,239  26317  7604  16845  199  24557
22  291,852  1,579,747  7,603,338  316,589  53838  756,258  3,024,571  51  52  4586  3,093,398  309,797  34524  9674  15493  103 29721
23 261,537  1,461,938  5,452,237  421,685  68240  852,094  1,785,250  47  91  4651  1,878,809  402,412  28019  10939  24936  313  34341
24  321,051  1,769,342  5,080,572  172,939  27021  1,192,978  1,727,081  12  27  2061  1,766,194  166,665  21637  3957  8023 62  14178
25  205,425 1,182,353  4,215,848  386,841  64350  533,065 1,350,422  47  88  4715  1,456,023  375,692  33162  11443  19585  144 32896
26  262,405 1,481,440  5,195,116  225,962  34955  839,548 1,896,442  41  74  2605  1,943,238  222,634  23591  6026  11600  139  16083
27  232,467  1,278,104  3,190,769  130,257  20512  844,522  1,003,995  32  31  1512  1,037,321  132,486  15547  4554  6764  43  10924
28  228,740  1,306,693  5,179,451  191,839  29690  693,876 2,002,455  47  27  2308  2,040,071  191,412  22278  5448  9736  66  14952
29  257,510  1,508,568  6,275,068  344,027  54609  844,994  2,303,306  65  78  3832  2,360,477  333,712 22868  7100  17940  133  28259
MT others  1,169,447  5,781,172  9,317,433  534,885  76267  4,875,855  1,611,366  133  149  4586  1,648,637  520,101  33765  11689 22371  370  31779
Total 13,607,850 74,274,427 221,529,167 11,751,655 1,896,887 46,235,214 73,115,388 2022 2497 137,853 75,432,404 11,571,993 1,088,113 295,141 632,838 6012 970,627
  1. Number of InDels and SNPs identified per chromosome (CHI) and annotation information for SNPs identified