Genetic variants in mammary development, prolactin signalling and involution pathways explain considerable variation in bovine milk production and milk composition

Table 2 Proportion of significant SNPs for genes in the prolactin pathway and number of SNPs significantly (P < 0.05) associated with each trait

Gene	Chr	Start	Stop	Nb SNP	Fat	Fat %	Milk	Protein	Prot %
AKT2	18	49804012	50050072	55	0.38	0.31	0.13	0.20	0.11
CSN1S1	6	87041556	87259096	98	0.07	0.18	0.05	0.09	0.22
CSN2	6	87079502	87288025	58	0.40	0.59	0.83	0.78	0.90
CISH	22	50220205	50425617	38	0.21	0.00	0.21	0.24	0.32
RAF1	22	57022412	57304951	115	0.34	0.06	0.47	0.52	0.01
ELF5	15	65724442	65954386	80	0.25	0.40	0.30	0.34	0.18
ERBB4	2	99560620	100097642	71	0.35	0.20	0.37	0.42	0.14
ESR1	9	89869586	90355801	103	0.21	0.19	0.33	0.38	0.13
GAL	29	46659818	46865617	59	0.15	0.29	0.07	0.31	0.37
GATA3	13	15884602	16102940	29	0.21	0.14	0.24	0.24	0.17
IGF2	29	49946626	50165230	27	0.37	0.04	0.30	0.22	0.15
IL6	4	31478311	31682667	25	0.40	0.00	0.24	0.36	0.00
IRS1	2	115690540	115894253	22	0.18	0.32	0.14	0.41	0.09
JAK2	8	39531342	39850796	32	0.28	0.47	0.63	0.56	0.44
NR3C1	7	56131970	56450496	65	0.63	0.37	0.28	0.52	0.43
PRL	23	35005135	35213759	53	0.19	0.04	0.11	0.19	0.36
PRLR	20	38973246	39237480	56	0.48	0.61	0.50	0.25	0.82
PTH	15	39628332	39830868	31	0.23	0.06	0.58	0.19	0.26
SOCS1	25	9875299	10075970	56	0.30	0.00	0.16	0.32	0.00
SOCS2	5	23423981	23628860	46	0.28	0.67	0.59	0.52	0.67
SOCS3	19	54358856	54559555	62	0.44	0.21	0.18	0.40	0.50
GH1	19	48668618	48872014	73	0.08	0.16	0.32	0.26	0.34
STAT3	19	42956660	43232624	58	0.43	0.84	0.53	0.78	0.84
STAT5A	19	42933597	43154075	59	0.36	0.85	0.61	0.75	0.80
STAT5B	19	42860226	43096671	60	0.10	0.83	0.78	0.55	0.80
TNFRSF11A	24	61139109	61375194	65	0.15	0.08	0.03	0.02	0.18
TNFSF11	12	12641069	12882474	73	0.33	0.56	0.05	0.08	0.51
N = 27				1569	458	519	571	636	628

ISSN: 1297-9686