Skip to main content

Table 3 Proportion of significant SNPs for genes in the involution pathway and number of SNPs significantly (P < 0.05) associated with each trait

From: Genetic variants in mammary development, prolactin signalling and involution pathways explain considerable variation in bovine milk production and milk composition

Gene

Chr

Start

Stop

Nb SNP

Fat

Fat %

Milk

Protein

Prot %

AKT1

21

70778138

70995537

30

0.17

0.17

0.13

0.13

0.17

ATF4

5

111362845

111564936

52

0.54

0.12

0.52

0.23

0.60

BAK1

23

7555892

7758885

31

0.19

0.16

0.23

0.03

0.45

BAX

18

55885202

56089378

35

0.11

0.49

0.51

0.40

0.49

BCL2L1

13

61666806

61917383

28

0.04

0.07

0.50

0.36

0.11

CASP3

27

13984622

14210610

49

0.12

0.10

0.16

0.18

0.08

CEBPA

18

43828610

44029840

30

0.10

0.13

0.20

0.07

0.13

CEBPD

14

20638814

20840407

28

0.46

0.25

0.46

0.43

0.32

CEBPG

18

43905707

44112657

68

0.24

0.06

0.15

0.16

0.03

CISH

22

50220205

50425617

38

0.21

0.00

0.21

0.24

0.32

CTNNA1

7

51588098

51980519

14

0.14

0.79

0.14

0.21

0.00

CTNNA2

11

54622279

56182035

514

0.23

0.40

0.53

0.48

0.38

E2F1

13

63605710

63814008

21

0.62

0.10

0.48

0.43

0.19

FOXO3

9

41908606

42218673

56

0.09

0.02

0.09

0.14

0.00

IGFBP5

2

105278991

105497646

61

0.62

0.08

0.21

0.64

0.72

IL11

18

62461915

62664977

61

0.51

0.11

0.05

0.36

0.16

IL6

4

31478311

31682667

25

0.40

0.00

0.24

0.36

0.00

IL6ST

20

23112633

23370316

64

0.23

0.39

0.28

0.39

0.67

IRF1

7

23135653

23343697

46

0.72

0.00

0.61

0.67

0.20

JAK1

3

80675557

81015026

65

0.18

0.45

0.55

0.35

0.46

JAK2

8

39531342

39850796

32

0.28

0.47

0.63

0.56

0.44

LEF1

6

18235031

18550774

59

0.25

0.08

0.20

0.31

0.00

LIF

17

71313855

71518166

53

0.13

0.02

0.09

0.26

0.08

LIFR

20

35817479

36066671

74

0.54

0.58

0.68

0.58

0.80

MMP2

18

23728638

23955657

94

0.12

0.11

0.12

0.10

0.55

MMP3

15

5928011

6134595

52

0.06

0.23

0.15

0.13

0.02

MMP9

13

75366513

75573824

45

0.33

0.04

0.56

0.53

0.04

MYC

14

13669244

13874438

38

0.61

0.76

0.24

0.13

0.32

OSM

17

71334468

71537372

51

0.16

0.06

0.06

0.24

0.08

OSMR

20

35421410

35688186

53

0.60

0.70

0.64

0.58

0.74

TP53

19

27885495

28097841

23

0.43

0.48

0.22

0.43

0.17

PTEN

26

9398226

9695849

33

0.03

0.36

0.42

0.36

0.42

PTK2

14

3770893

4165010

121

0.79

0.90

0.84

0.66

0.82

RAF1

22

57022412

57304951

115

0.34

0.06

0.47

0.52

0.01

SFRP4

4

49909882

50120466

51

0.22

0.49

0.59

0.57

0.47

SOCS3

19

54358856

54559555

62

0.44

0.21

0.18

0.40

0.50

STAT3

19

42956660

43232624

58

0.43

0.84

0.53

0.78

0.84

STAT5A

19

42933597

43154075

59

0.36

0.85

0.61

0.75

0.80

STAT5B

19

42860226

43096671

60

0.10

0.83

0.78

0.55

0.80

TIMP3

5

71651415

71909052

72

0.54

0.21

0.49

0.38

0.42

N = 40

   

2521

803

841

1048

1044

972

  1. Bold values indicate where >50% of SNPs in a gene region were significant.