Genomic prediction from observed and imputed high-density ovine genotypes

Table 2 Additive (V_A) and residual (V_R) variance components and heritability estimate based on pedigree (PBLUP) and 50k (GBLUP-50k) or HD SNP genotypes (GBLUP-HD)

Trait	PBLUP			GBLUP-50k			GBLUP-HD
Trait	V_A	V_R	h ²	V_A	V_R	h ²	V_A	V_R	h ^2a
B-WT	0.24	0.26	0.31	0.21	0.27	0.28	0.25	0.24	0.33
W-WT	4.62	6.62	0.36	4.13	8.36	0.27	4.77	7.95	0.31
PW-WT	8.36	15.59	0.28	7.82	15.85	0.27	9.10	15.14	0.31
H-WT	19.63	14.22	0.51	17.69	17.65	0.41	20.78	16.19	0.47
Y-WT	14.54	12.55	0.44	12.12	14.48	0.33	13.69	12.22	0.40
A-WT	27.22	26.84	0.42	26.53	28.13	0.41	30.0	26.41	0.46
P-EMD	1.32	3.73	0.26	1.41	3.68	0.26	1.56	3.57	0.28
P-CF	0.09	0.32	0.13	0.09	0.32	0.16	0.09	0.32	0.18
Y-EMD	1.56	3.49	0.31	1.97	3.15	0.39	2.04	2.89	0.41
Y-CF	0.16	0.54	0.20	0.18	0.40	0.23	0.21	0.37	0.28
Y-GFW	0.12	0.10	0.49	0.09	0.12	0.35	0.09	0.11	0.39
Y-CFW	0.06	0.06	0.45	0.07	0.08	0.42	0.07	0.07	0.46
Y-FD	1.41	0.40	0.76	1.21	0.34	0.75	1.36	0.29	0.8
Y-FDCV	3.34	2.35	0.54	2.82	2.73	0.45	3.15	2.59	0.49
Y-SL	70.7	33.28	0.67	58.51	44.98	0.56	62.02	42.09	0.59
Y-SS	29.09	50.78	0.33	19.28	55.4	0.22	22.05	54.51	0.26
A-GFW	0.34	0.26	0.55	0.32	0.33	0.47	0.34	0.3	0.51
A-CFW	0.22	0.14	0.57	0.20	0.17	0.52	0.21	0.16	0.54
A-FD	1.60	0.04	0.88	1.34	0.30	0.73	1.80	0.17	0.85
A-FDCV	2.70	2.35	0.54	2.78	2.73	0.45	2.94	2.59	0.49
A-SL	56.53	49.41	0.51	55.86	51.16	0.49	56.52	53.12	0.50
A-SS	29.62	68.34	0.28	27.68	73.79	0.26	32.19	70.53	0.30

^aStandard error of heritability was between 0.02 and 0.09; for trait abbreviations see Table 1

ISSN: 1297-9686