Skip to main content

Table 5 Wright’s fixation statistic (FST) by predicted consequence type and prevalence level

From: Rare and population-specific functional variation across pig lines

Consequence type FST by prevalence level
2 3 4 5 6 7 8 9 Total
Loss-of-function 0.003 0.022 0.047 0.066 0.094 0.114 0.145 0.171 0.071
Frameshift indel 0.010 0.042 0.065 0.081 0.088 0.120 0.146 0.148 0.114
In-frame indel 0.011 0.035 0.051 0.070 0.087 0.105 0.115 0.130 0.077
Deleterious missense 0.005 0.029 0.055 0.073 0.087 0.110 0.131 0.160 0.068
Tolerated missense 0.009 0.036 0.061 0.084 0.107 0.127 0.158 0.184 0.108
Synonymous 0.013 0.040 0.062 0.090 0.110 0.130 0.158 0.194 0.117
Promoter + UTR 0.009 0.036 0.060 0.086 0.108 0.131 0.158 0.190 0.110
Intronic 0.009 0.037 0.063 0.089 0.111 0.136 0.164 0.195 0.118
Intergenic 0.009 0.036 0.066 0.091 0.112 0.139 0.167 0.193 0.121
  1. Values are medians