Validation with single-step SNPBLUP shows that evaluations can continue using a single mean of genotyped individuals, even with multiple breeds

Table 4 Mean J-factor covariates of the 100 replicates, estimated for the three breeds with animals phenotyped for body weight at 7 and 35 days (BW7 and BW35)

Genotyping rate	J-factor method^a	Selective genotyping	BW7			BW35
Genotyping rate	J-factor method^a	Selective genotyping	Sire	Dam B	Dam C	Sire	Dam B	Dam C
75%	EXP	RND	− 0.411	− 0.194	− 0.194	− 0.406	− 0.192	− 0.192
	EXP	TOP	− 0.411	− 0.193	− 0.193	− 0.406	− 0.192	− 0.192
	OBS	RND	− 0.239	− 0.202	− 0.186	− 0.228	− 0.200	− 0.184
	OBS	TOP	− 0.239	− 0.201	− 0.186	− 0.228	− 0.199	− 0.184
50%	EXP	RND	− 0.411	− 0.188	− 0.188	− 0.406	− 0.185	− 0.185
	EXP	TOP	− 0.411	− 0.186	− 0.186	− 0.406	− 0.185	− 0.185
	OBS	RND	− 0.239	− 0.195	− 0.180	− 0.228	− 0.193	− 0.178
	OBS	TOP	− 0.239	− 0.194	− 0.179	− 0.228	− 0.192	− 0.178
25%	EXP	RND	− 0.411	− 0.178	− 0.178	− 0.406	− 0.175	− 0.175
	EXP	TOP	− 0.411	− 0.176	− 0.176	− 0.406	− 0.174	− 0.174
	OBS	RND	− 0.239	− 0.185	− 0.171	− 0.228	− 0.182	− 0.168
	OBS	TOP	− 0.239	− 0.183	− 0.169	− 0.228	− 0.181	− 0.168

^aJ-factor methods used include: three J-factors calculated using for each breed the expected (EXP), or observed (OBS) breed contribution calculated using BOA from previous analysis [13]

ISSN: 1297-9686